กรณีผู้ได้รับทุนรัฐบาลซึ่งรับรองโดยสถานทูตมีความรู้ด้ายภาษาญี่ปุ่นไม่เพียงพอ ผู้ได้รับทุนจำเป็นต้องศึกษาในหลักสูตรภาษาญี่ปุ่นเพื่อศึกษาในสถาบันระดับสูงของญี่ปุ่นในมหาวิทยาลัยเสียก่อน จึงสามารถเข้าวิจัยในสาขาเฉพาะของตนได้

ศึกษาต่อโดยทุนส่วนตัว ศึกษาต่อโดยรับผิดชอบค่าใช้จ่ายในการศึกษาเองทั้งหมดหรือรับทุนอื่นๆ (รวมทั้งทุนจากรัฐบาลของประเทศตน ) ทว่าการรับทุนก่อนนห้านี้จะไปศึกษาต่อญี่ปุ่นมีค่อนข้างน้อย โดยทั่วไปแล้วนักศึกษาจะต้องรับภาระค่าใช้จ่ายไปก่อนแล้วจึงหาทุนในประเทศญี่ปุ่น

 2. การรวบรวมข่าวสาร

   ในการเลือกสถาบันการศึกษาในญี่ปุ่น จำเป็นอย่างยิ่งที่ต้องพิจารณาไตร่ตรองอย่างรอบคอบถึงแผนการศึกษาและรวบรวมข่าวสรรให้มากที่สุดเท่าที่จะมากได้ โดยอาศัยเอกสารการศึกษาของสถาบันหรือสถาบันการศึกษาแห่งอื่นๆเสียก่อน การละเลยที่จะตรวจสอบให้แน่ชัดอาจจะเป็นผลเสียทำให้ท่านไม่สามารถเข้าศึกษาในวิชาที่ต้องการได้หรืออาจต้องเสียค่าใช้จ่ายเพิ่มขึ้นโดยใช่เหตุ การรวบรวมข้อมูลข่าวสารที่ทันสมัยและถูกต้องเป็นสิ่งจำเป็น

2.1    ขั้นตอนการรวบรวมข่าวสาร 
 (1)      ข่าวสารทั่วไป (คุณสมบัติในการศึกษาต่อ วิธีการสมัคร ทุนการศึกษา ค่าใช้จ่ายต่างๆ ฯลฯ ) ที่เกี่ยวกับการศึกษาในญี่ปุ่น
(2)      รายชื่อสถาบันการศึกษา 
(3)      ข่าวสารเกี่ยวกับแต่ละสถาบัน (เป็นเอกสารที่แนบมาพร้อมกับเอกสารแนะนำการศึกษา, ใบสมัครเข้าเรียนซึ่งบางแห่งต้องซื้อ

  2.2     แหล่งข่าวสาร 
 (1)      สมาคมการศึกษานานาชาติแห่งประเทศญี่ปุ่น ( AIEJ )  ศูนย์แนะแนวการศึกษาต่อประเทศญี่ปุ่น ของ     (โตเกียว โกเบ กัวลาลัมเปอร์ กรุงเทพฯ จาการ์ต้า โซล )ให้บริการตอบคำถาม  ที่เกี่ยวกับการศึกษาของประเทศญี่ปุ่น ทั้งในประเทศและต่างประเทศ ทางโทรศัพท์ จดหมาย หรือการพูดคุยโดยตรงการส่งเอกสารให้และอีเมลล์ แก่ผู้ที่สนใจจะไปศึกษาต่อในญี่ปุ่น นอกจากนี้ยังให้ข้อมูลของสถาบันการศึกษาต่างๆในญี่ปุ่นผ่านทางอินเตอร์เน็ตและให้บริการข่าวสารผ่านทางโทรสารหรือสัญญาณเสียง  (1) แนะนำการศึกษาต่อประเทศญี่ปุ่น (2) แนะนำมหาวิทยาลัยเป็นภาษาอังกฤษ (3)แนะนำเรื่องทุนการศึกษา (4) โปรแกรมการศึกษาต่อระยะสั้น (5)การสอบเพื่อศึกษาต่อมหาวิทยาลัยญี่ปุ่น เป็นต้น นอกจากนี้ยังสามารถศึกษาข้อมมูลต่างๆได้จากเอกสารแนะนำระเบียบการสมัคร แคทตาล๊อคแนะนำสถาบันการศึกษา หรือสิ่งพิมพ์ที่เกี่ยวข้องกับการศึกษาต่อประเทศญี่ปุ่น ดูรายละเอียดในหน้า 29-30 รายชื่อที่อยู่ขององค์กรที่เกี่ยวข้องกับการศึกษาต่อ 
(2)      สถานทูตญี่ปุ่นสถานกงศุลญี่ปุ่น สมาคมส่งเสริมมิตรภาพ ได้จัดเตรียมรายชื่อ คู่มือแนะนำสถาบันการศึกษา และข่าวสารอื่นๆสำหรับการศึกษาต่อในญี่ปุ่น แต่โดยส่วนมากแล้วสถานที่เหล่านี้จะไม่มีระบบการให้คำปรึกษาเป็นส่วนตัว สามารถดูรายชื่อของสถานทูต สถานกงศุล และรายงานสมาคมได้ในเวปไซด์ของกระทรวงต่างประเทศที่ http://www.mofa.go.jp/mofaj/link/index.html 
(3)      หนังสืออ้างอิง  หนังสือต่างๆที่รวบรวมข่าวสารการศึกษาต่อในญี่ปุ่น คู่มือแนะนำของแต่ละสถาบันการศึกษา หนังสือคู่สอบภาษาสำหรับไปศึกษาต่อในญี่ปุ่นและอื่นๆ นอกจากนี้ยังอาจหาได้จากห้องสมุดในมหาวิทยาลัย ร้านหนังสือ หรือสั่งซื้อได้จากสำนักพิมพ์ต่างๆในญี่ปุ่น 
(4)      เอกสารแนะนำ ระเบียบการรับสมัครของสถาบันการศึกษา เอกสารแนะนำ ระเบียบการสมัคร และเวปไซด์ของแต่ละสถาบันเป็นแฟล่งข่าวสารที่สำคัญที่สุดสำหรับการศึกษาต่อในญี่ปุ่น 
(5)      ผู้ที่ผ่านการศึกษาในญี่ปุ่นมาแล้ว อาจจะให้ข้อมมูลเกี่ยวกับการศึกษาต่อในญี่ปุ่นที่ไม่อาจหาได้จากเอกสารใดๆ นอกจากนี้ยังอาจได้จากสมาคมนักเรียนเก่าญี่ปุ่นของประเทศนั้นๆรายชื่อที่อยู่ของสมาคมนักเรียนเก่าญี่ปุ่นดูได้จากเวบไซด์ของกระทรวงการต่างประเทศ ( http://www.studyjapan.go.jp/ath/ath0201.html)
(6)      งานแนะแนวการศึกษาต่อญี่ปุ่น งานแนะแนวการศึกษาต่อญี่ปุ่นซึ่งจัดขึ้นซึ่งจัดขึ้นในประเทศอินโดนีเซีย มาเลเซีย เกาหลี ไทย ฟิลิปปินส์ เวียดนาม สิงค์โปร์ จีน ไต้หวัน อเมริกา และ ยุโรปเพื่อให้ข่าวสารโดยตรงแก่นักศึกษาและมีโครงการจะขยายงานออกไปยังประเทศต่างๆเพิ่มขึ้นในอนาคต ในงานแนะแนวนั้น นอกจากข่าวสารทั่วไปที่จัดให้โดย AIEJ แล้ว ยังมีบริการให้คำแนะนำปรึกษาส่วนบุคคลของมหาวิทยาลัยทั้งของภาครัฐและเอกชน รวมทั้งโรงเรียนสอนภาษาญี่ปุ่นและหน่วยงานที่เกี่ยวข้องกับนักศึกษาต่างชาติ  

ข่าวสารของช่วงเวลาที่จัดให้มีการแนะแนว สถานที่จัด  สถาบันต่างๆที่เข้าร่วม สามารถดูได้จากเวบไซด์ของสมาคมการศึกษานานาชาติ ( http://www.aiej.or.jp/ ) 
( 7 ) หน่วยงานที่รับผิดชอบด้านการศึกษาในประเทศของท่าน หรือหน่วยงานที่ให้ข่าวสารเกี่ยวกับการไปศึกษาต่อต่างประเทศ เช่น สำนักงาน ก.พ. ของประเทศไทย 
( 8 )  การค้นหาข้อมมูลจากอินเตอร์เน็ต สถาบันสอนภาษาญี่ปุ่นหลายแห่ง มหาวิทยาลัยในญี่ปุ่นเกือบทุกแห่งจัดทำเวปไซด์ของตนเองเพื่อให้ข้อมูลต่างๆ เกี่ยวกับสถาบัน ตามรายชื่อที่อยู่ขององค์กรที่เกี่ยวข้อง

3.การเลือกสถานศึกษา
นักศึกษาควรเลือกสถาบันการศึกษาโดยคำนึงถึงวัตถุประสงค์ ความสามารถของตน และแผนชีวิตในอนาคตเสียก่อน จากนั้นจึงใช้อินเตอร์เนทให้การค้นหาและรวบรวมข้อมูล โดยอาศัยตารางชื่อสถาบัน เอกสารรวบรวมข้อมมูลแต่ละสถาบัน ระเบียบการรับสมัคร และคู่มือของสถาบัน เมื่อได้รายชื่อของโรงเรียน สถาบัน และระเบียบการต่างๆ แล้วจึงเลือกสถานศึกษาที่ตนสนใจจากหัวข้อด้านล่าง โดยเฉพาะแต่ละคนอาจจัดอันดับก่อนหลังของเงื่อนไงดังกล่าวไว้แตกต่างกัน ขึ้นอยู่กับความต้องการในการเรียน ถ้าได้พิจารณาอย่างที่ถ้วนถึงแต่ละเงื่อนไขแล้ว ก็จะสามารถเลือกสถาบันการศึกษาที่เหมาะสมได้ไม่ยาก ท่านควรสมัครสอบคัดเลือกหลายๆแห่งเพื่อให้สามารถเข้าเรียนได้ในสาขาที่ต้องการได้หากพลาดจากสถาบันใดสถาบันหนึ่ง

(1) พิจารณาจากเนื้อหาของหลักสูตร
(2) มีโปรแกรมภาษาญี่ปุ่นหรือไม่                                      
(3) มีโปรแกรมพิเศษสำหรับนักศึกษาต่างชาติไหม
(4) พิจารณาวิธีการสอบคัดเลือกเพื่อเข้าศึกษาในสถาบัน      
(5) มีค่าใช้จ่ายในการศึกษา และค่าใช้จ่ายที่จำเป็นอื่นๆ 
(6) มีทุนการศึกษาระบบช่วยเหลือค่าใช้จ่ายหรือไม่อย่างไร 
(7) มีการจัดหาที่พักให้หรือไม่
(8) พิจารณาถึงความพร้อมของอุปกรณ์ เครื่องมือ สถานที่สำหรับการทำวิจัยว่าเหมาะสมเพียงพอหรือไม่อย่างไร
(9) สภาพแวดล้อมของที่ตั้งสถานศึกษาเป็นอย่างไร

สถานศึกษาทุกประเภทในญี่ปุ่นไม่มีการจัดอันดับอย่างเป็นทางการ ปัจจุบันแม้ว่านักศึกษาต่างชาติต่างก็มุ่งที่จะไปศึกษาในโตเกียวก็ตาม ( ดูหน้า 35 ประกอบ) แต่ในพื้นที่อื่นๆของญี่ปุ่นก็มีข้อได้เปรียบหลายอย่าง ทั้งในเรื่องค่าใช้จ่ายที่ถูกกว่า จำนวนนักศึกษาต่อห้องที่น้อยกว่า  การได้ใกล้ชิดกับสังคมท้องถิ่นที่มีมากกว่า รวมทั้งสภาพของน้ำและอากาศที่สะอาดกว่า ฉะนั้นไม่ควรพิจารณาโรงเรียนเฉพาะในโตเกียวเท่านั้น ขอให้พิจารณาให้ทั่วประเทศจะดีกว่า